תכנון מוסך פעיל ומודרני על ידי אדריכל ועל ידי מהנדס בניין הינו תהליך מורכב.
התהליך מתחיל בפגישה משותפת של בעל המוסך/הזיכיון, מהנדס בניין, אדריכל ובעלי מקצוע נוספים. פגישת היכרות זו, תוביל למיזם מוצלח. מעבר להיכרות, הפגישה תאפשר למשתתפים להכיר את חזון הפרויקט, להבין פרטים מקצועיים וכן להציע הצעות ייעול.
מהנדס בניין בעל ניסיון קודם בתכנון וליווי שיפוץ מוסך פעיל, ייפגש פגישה מקצועית עם האדריכל ותפקידו הוא לקחת את החזון האדריכלי ולהפכו לתוכנית עבודה עבור הקבלן והמסגר שייבחרו לביצוע. מזמין העבודה, יכול לבקש מהמהנדס לגשת למוסך בסגנון דומה, שכבר עבר שיפוץ לצורך התרשמות. מטרת פגישות מקצועיות אלו, היא לייעל את תהליך העבודה. תהליך שיפוץ מוסך פעיל עלול לגרום להפסד לקוחות ופגיעה בהכנסה עבור מזמין העבודה. לכן תכנון יעיל וניסיון במקרה זה הם הכרחיים.
במוסך פעיל, מתחלקת העבודה למתחמים: אזור קבלת הקהל, אזור קבלת הרכב, אזור דיאגנוזה, אזור המשרדים ועוד. בבואנו לתכנן את חידוש המוסך והבאתו לסטנדרטים הרצויים, עלינו לסגל שיטת עבודה העוברת מטיפול באזור אחד לטיפול באזור אחר. בחירת אנשי מקצוע טובים כגון מסגר מקצועי יכולה להיות ההבדל בין פרויקט טוב לפרויקט בינוני. מהנדס בניין צריך להתחשב באילוצים הקיימים באתר, לבדוק נושאים של הורדת עמודים, תכנון עם פרופילי פלדה, תכנון רצפת הליפטים,
טיפול וחיזוק גג/סככה קיימים, תכנון והוספת מקלט במידה ויש דרישה מהג"א ועוד.
לאחר שמקבל מהנדס בניין את התוכניות האדריכליות ולאחר שהוא מתאם עם האדריכל את נושא מיקום העמודים, ממתין המהנדס לקבלת היתר הבנייה. במקרה ויש לתכנן ממ"ד, יעביר המהנדס את החישובים הסטטיים לאדריכל ויחתום על הגרמושקה (תוכנית בקנה מידה 1:100 ) אותה יקבל מהאדריכל. במידה ואין ממ"ד, ממתין המהנדס להיתר ונכנס לתכנון מפורט של תוכניות בקנה מידה 1:50הידועות בשם: תוכניות עבודה. תכנון זה לוקח מעל 3 שבועות, אך לעיתים ניתן לחסוך אף בזמן זה.
לאחר שתכנן מהנדס בניין את התוכניות המפורטות, יגיש אותם לאדריכל לאישור מצידו. לאחר פינג פונג (העברת התוכניות בין אנשי המקצוע), תאושר התוכנית על ידם ותגיע לידי הקבלן/מסגר המבצע. את התוכניות הלא מעודכנות יש להשמיד מכיוון שהן עלולות להופיע ולהטעות את אנשי המקצוע. עדכון אחרון חייב להישלח לכל בעלי המקצוע. כמו כן, חייבים להקפיד על סימון "צפון" בתוכנית, ע"מ למנוע טעויות מביכות.
מהנדס בניין צריך לבצע פיקוח עליון במיזם אותו הוא מתכנן. עליו לוודא שהקבלן עובד לפי התוכנית אותה תכנן. הכוונה במושג פיקוח עליון היא להבדיל מפיקוח צמוד בו המפקח נמצא באתר בתדירות גבוה ביותר. בפיקוח עליון, צריך המהנדס להגיע לאתר רק בנקודות חשובות כגון יציקות גדולות או החלפת מיקומי עמודים.